Để thích ứng với cơ chế thị trường, năm 2007, TCT NN Sài Gòn chuyển đổi hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con, với 5 đơn vị trực thuộc, 8 công ty con và 15 công ty liên kết chuyên hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp như: tổ chức các mô hình sản xuất, kinh doanh phục vụ cho các ngành nông, lâm, ngư nghiệp; công nghiệp; dịch vụ xuất nhập khẩu…

Trong những năm qua, TCT NN Sài Gòn là đơn vị trực tiếp sản xuất, cung ứng các loại giống cây trồng, vật nuôi có chất lượng cao phục vụ cho các quận, huyện ngoại thành và các tỉnh, thành lân cận. Nỗi bật nhất là chương trình giống 2 cây, 2 con chất lượng cao của Thành Ủy và UBND.TP phát động như: giống heo, bò sữa, bò thịt, tôm, cá giống, dứa Cayenne, rau, củ an toàn, cây ăn trái, cây cảnh… được TCT NN Sài Gòn tổ chức thực hiện khá thành công. Bên cạnh đó, TCT NN Sài Gòn còn tổ chức các mô hình hoạt động về dịch vụ, kinh tế, kỹ thuật cao nhằm phục vụ cho quá trình sản xuất nông, lâm, ngư nghiệp theo hướng công nghiệp hóa và hiện đại hóa.

Trong ba năm qua 2006 – 2008, Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn đã có một sự chuyển mình mạnh mẽ và đạt  được một số kết quả khả quan. Về tổng doanh thu, tốc độ phát triển bình quân tăng 8,20%. Về lợi nhuận bình quân hằng năm, tăng 33,36%. Về thu nhập bình quân, tăng 19,77%/năm và đóng góp phúc lợi xã hội tăng bình quân hàng năm là 20,81%.

 Với sự nỗ lực không ngừng, trong năm 2008, TCT NN Sài Gòn đã vinh dự đón nhận Huân chương Lao động Hạng III do Nhà nước trao tặng và được bình chọn TOP 100 thương hiệu hàng đầu  do Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam trao tặng. Bà Nguyễn Thu Nga- Tổng giám đốc được tôn vinh là “Doanh nhân tiêu biểu” năm 2008.

Với phương châm “Tự học để tồn tại”, TCT NN Sài Gòn tiếp tục nghiên cứu, phân tích các mô hình sản xuất, kinh doanh mới nhằm nâng cao hơn nữa vị thế của doanh nghiệp và tính cạnh tranh của từng loại dịch vụ, sản phẩm, đồng thời xác định sản phẩm chủ lực để đưa ra những kế hoạch phát triển cho TCT. Song song đó, TCT NN Sài Gòn còn tiến hành sắp xếp lại các doanh nghiệp thành viên nhằm góp phần tăng qui mô vốn để các doanh nghiệp thành viên sản xuất kinh doanh hiệu quả.

 Bên cạnh hoạt động sản xuất kinh doanh, TCT NN Sài Gòn còn chú trọng chăm lo đến đời sống cho tập thể CB-CNV, tham gia các hoạt động phúc lợi xã hội như trao tặng nhà tình nghĩa, tình thương và học bổng cho con em CB-CNV vượt khó học giỏi. Đó cũng chính là nền tảng cho TCT NN Sài Gòn có được một đội ngũ cán bộ nhân viên nhiệt tình, quyết tâm gắn bó lâu dài cho sự phát triển lớn mạnh của TCT